El origen de la torre de Etxaburu se encuentra en las guerras de bandos del Duranguesado. La lucha de las familias Ibarguen y Zaldibar por hacerse con el control de las tierras de la comarca impulsó el nacimiento de pequeños linajes, uno de los cuales fue el de Etxaburu.
Los Etxaburu se asentaron en Izurza, por ser un lugar estratégico en el camino comercial de Urkiola que unía la comarca con la meseta castellana.
Dice la leyenda que los Etxaburu levantaron su torre sobre la cueva en el que murió un jabalí a manos del caballero Lope de Ondino.